Ernst Jurgens is werkzaam als klinisch arbeidsgeneeskundige bij IKA Ned en als bedrijfsarts bij MKBasics (onderdeel ArboUnie). Hij behaalde zijn MSc medische biologie aan de UVA en zijn MD aan de VUmc. Is sinds 2001 geregistreerd als medisch specialist in het domein Arbeid en Gezondheid. Sinds 2018 ook geregistreerd als praktijkopleider.
Hij is actief als gastdocent op postacademische opleidingsinstituten en health academies met betrekking tot Long COVID & Werk, Diabetes & Werk, Leefstijl op de werkvloer en Planetary Health & bedrijfsgezondheidszorg. Tevens gastdocent bij de huisartsenopleiding UMC-Utrecht, onderdeel arbocuratieve samenwerking. Eerder acht jaar actief geweest als NVAB bestuurder met als portefeuille wetenschappelijke ontwikkeling van de bedrijfsgeneeskunde. Momenteel actief als voorzitter van de NVAB commissie preventie en commissie beroepsziekten.
Ernst is de penvoerder van de NVAB Leidraad herstel en reintegratie van werkenden met het Post-COVID Syndroom (herzien juni 2022). Hij publiceerde meerdere artikelen over Long COVID en werk, over arbocuratieve samenwerking in COVID verband. Tevens lid van de werkgroep ME/CVS die de FMS richtlijn herzien. Daarnaast een van de wetenschappelijke reviewers bij Stichting Long COVID.
Recent gestart als externe adviseur bij TNO Expertise Group for Microbiology & Systems Biology. Zijn onderzoek interesse aldaar is gericht op de rol van dysbiose bij Long COVID. Momenteel worden de eerste onderzoeksresultaten klaar gemaakt voor publicatie.